La Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia absolvió al coronel en retiro del Ejército Alfonso Plazas Vega, quien había sido condenado a 30 años de prisión por la desaparición de dos personas en el proceso de recuperación del Palacio de Justicia en noviembre de 1985. (Lea también: Los dos desaparecidos por los que fue condenado Plazas Vega)
Tras un año de discusión, la Sala aprobó la ponencia del magistrado Luis Guillermo Salazar, que reconoce que hubo personas desaparecidas tras los hechos del Palacio de Justicia, pero que asegura que no hay pruebas que relacionen al coronel, entonces comandante de la Escuela de Caballería del Ejército Nacional, con las mismas.
En este sentido, la Corte ordenó la libertad inmediata de Plazas Vega, quien lleva ocho años y unos meses detenido en la Escuela de Infantería en el Cantón Norte en Bogotá
Plazas Vega había sido condenado por la desaparición del administrador de la Cafetería Carlos Augusto Rodríguez Vera y de la guerrillera del M-19 Irma Franco Pineda. En este proceso no se tuvo en cuenta los recientes hallazgos de la Fiscalía General de la Nación de restos humanos de personas que aparecían como desaparecidos en los hechos del Palacio: Cristina del Pilar Guarín, Luz Mary Portela León y Lucy Amparo Oviedo.
Plazas Vega fue condenado en primera instancia el 9 de junio de 2010 por el Juzgado Tercero Penal del Circuito Especializado de Bogotá por la desaparición de 12 personas. Dicha sentencia fue confirmada por el Tribunal Superior de Bogotá el 30 de enero de 2012, pero por la desaparición forzada de dos personas. (Lea también: Caso Plazas Vega, un frente a frente entre víctimas y militares)
En este caso, tanto la defensa de Plazas como la Procuraduría General habían insistido en que dichos fallos habían incurrido en yerros como que el delito de desaparición forzada por el que fue condenado, no estaba tipificado en el ordenamiento jurídico colombiano para la época de los hechos.
Igualmente, se criticó que la sentencia del Tribunal haya compulsado copias a la Corte Penal Internacional para que investigue al expresidente Belisario Betancur, dado que Colombia suscribió el Estatuto de Roma hasta el año 2002; o bien, que se haya ordenado una ceremonia de excusas públicas a las Fuerzas Militares cuando el procesado es únicamente el coronel Plazas.
La ponencia del magistrado Salazar apuntaba a que si bien hubo desparecidos en la recuperación del Palacio de Justicia, no le cabe responsabilidad directa al oficial en estos hechos, por ausencia de pruebas suficientes. En este caso, la defensa de Plazas Vega ha indicado que no hay desparecidos sino cuerpos sin identificar enterrados como NN.