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El constituyente de 1991 manifestó una especial preocupación por garantizar la autonomía e independencia de los órganos encargados de la función de control en el Estado, es decir, la Procuraduría General de la Nación y la Contraloría General de la República.
En una concepción funcional del Estado preocupa que los órganos superiores del control disciplinario y del control fiscal dependan de alguna manera de las estructuras del gobierno central. La Constitución de 1886, construida bajo el esquema de la división del poder, en el que todo órgano debe hacer parte de una de las tres ramas del poder público, guardó silencio en torno a la determinación de aquella a la cual deben pertenecer estos órganos. Como era apenas lógico, ni la Procuraduría, ni la Contraloría podían hacer parte de la rama legislativa, menos aún de la judicial, razón por lo cual, casi que por exclusión, se presenta una tendencia a considerarlas como parte de la rama ejecutiva. Decía el Texto que la Procuraduría desarrollaría sus tareas bajo la suprema dirección del gobierno y la Contraloría asumiría un control fiscal concomitante, es decir, una especie de coadministración. Ambas instituciones, así concebidas, llevaron al absurdo de determinar que el órgano vigilante actuaría bajo la dirección y mando del órgano vigilado.
Semejante error conceptual tenía que corregirse y así lo entendió el constituyente de 1991, que no se limitó a replantear la concepción estructural clásica de Estado a partir de las tres ramas del poder público, sino que en su artículo 117 señaló expresamente que “el Ministerio Público y la Contraloría General de la República son órganos de control”.
Para garantizar la autonomía del control fiscal, la Constitución dispuso: “el contralor será elegido por el Congreso en pleno [...] de terna integrada por candidatos presentados a razón de uno por la Corte Constitucional, la Corte Suprema de Justicia y el Consejo de Estado” (art. 267, inciso 5.º). De la misma manera, el artículo 277 de la Carta estatuyó: “el procurador general de la Nación será elegido por el Senado de terna integrada por candidatos del presidente de la República, la Corte Suprema de Justicia y el Consejo de Estado”.
El sistema de elección, que de alguna manera garantizaba la autonomía de los órganos de control, fue duramente objetado con el argumento de que este procedimiento en lugar de hacer objetiva la elección de los mencionados funcionarios, politizaba la justicia, apartándola de su tarea fundamental de resolver los conflictos en derecho.
Ante las críticas presentadas, por ejemplo, en el caso del contralor, el Congreso expide el acto legislativo 04 de 2019, por medio del cual se determina que “el contralor será elegido por el Congreso en pleno [...] de lista de elegibles conformada por convocatoria pública”. Es decir, el constituyente derivado regresa al sistema que existía antes de 1991, de manera que, desconociendo el principio de autonomía, el contralor vuelve a ser un funcionario elegido mediante inconvenientes pactos políticos entre los congresistas que intervienen en su elección
