En sus inicios, Fedesarrollo congregó a un grupo de técnicos que venían en desbandada del gobierno de Pastrana, como lo cuentan R. Junguito y G. Perry (q.e.p.d.). Después de haber ganado un espacio durante el gobierno anterior, el nuevo presidente quiso cerrarles el paso y disminuir su influencia. En el espacio del Conpes se presentó una discusión que terminó con la renuncia del equipo directivo del Departamento Nacional de Planeación (DNP) y la aceptación de algunos de ellos de la invitación de Rodrigo Botero, para trabajar en el nuevo centro de estudios, iniciativa de un grupo de empresarios.
Fedesarrollo se comprometió desde el comienzo con la generación de conocimiento para tener una mejor sociedad. Su postura fue siempre independiente e incluso, en ocasiones, cuestionó las iniciativas de algunos de sus antiguos investigadores que pasaban como ministros al Gobierno. Su independencia y el rigor técnico de sus trabajos consolidaron su papel como un centro de pensamiento del más alto nivel, considerado el segundo más influyente en América Latina después de la fundación Getulio Vargas.
Sus contribuciones al análisis de la economía colombiana han sido muchas. Enseñó a varias generaciones de economistas a trabajar con datos. A argumentar y subir el nivel del debate, una visión que se plasmó en su revista Coyuntura Económica, una lectura obligada de los analistas de la economía colombiana. Sus libros son fundamentales para los interesados en el tema económico, sin dejar de mencionar los trabajos de medición económica que formaron en esas técnicas a miles de estudiantes.
Ante la escasez de información económica de corto plazo, Fedesarrollo introdujo a finales de los años setenta un instrumento novedoso para seguir la coyuntura: las encuestas de opinión empresarial, ampliamente utilizadas en Europa desde la segunda guerra mundial y que se basaban en las construcción de datos cualitativos a partir de las respuestas de los empresarios sobre ciertas variables seleccionadas. Ese tipo de estadística se complementó más adelante con una encuesta a los hogares, inspirada en estudios de Estados Unidos, que continúa dando información central sobre el comportamiento de los consumidores.
En sus documentos se publicaron los primeros análisis con un uso intensivo de la econometría y las técnicas estadísticas. También se construyeron los modelos pioneros de equilibrio general computable con los trabajos de Juan Luis Londoño (q.e.p.d.) y E. Lora que pusieron la discusión sobre ciertos temas (comercio exterior y consistencia macro, entre otros) en otro nivel. Esos modelos fueron la semilla de los que se usan actualmente en el mismo Fedesarrollo, DNP, Banco de la República y Hacienda.
Con el tiempo, Fedesarrollo ha ampliado la mira de sus esfuerzos, en parte porque la economía se ha vuelto más compleja y hay nuevas necesidades. El avance técnico de entidades como el Banco de la República, el DNP y el Ministerio de Hacienda ha nutrido el debate macroeconómico y hoy se oyen otras voces además de Fedesarrollo opinando sobre el tema. Poco a poco la entidad fue avanzando hacia el cubrimiento de sectores como la industria, agricultura, petróleo y minería, y la política social y ambiental. En todos los casos haciendo trabajos seminales. Poco espacio para contar todo lo que esa entidad contribuyó en la formación de la tecnocracia colombiana, una de las más sólidas y respetadas en América Latina.