Desde que su nombre apareció en la terna para el cargo de fiscal general, desde sectores políticos, como el Polo Democrático, y varios académicos, consideraron inconveniente la elección de Néstor Humberto Martínez por su estrecha relación con el poder político y económico del país.
Una vez se conoció la anunciada elección, circularon los nombres de varios conglomerados económicos con los que ha tenido contratos y se escucharon voces como la del senador Jorge Robledo (PD), pidiéndole hacer pública la lista de los clientes de su oficina de abogados en el último año, pues según el artículo 11 de la ley 1437 de 2011, del Código de Procedimiento Administrativo en todos esos casos tendrá que declararse impedido.