En la reanudación del proceso por parapolítica, el exdirector del DAS Jorge Noguera Cotes aseguró que nunca tuvo ninguna relación con excomandante paramilitar Rodrigo Tovar Pupo, alias "Jorge 40" y agregó que su nombre "nunca apareció mencionado" en los computadores incautados al desmovilizado.
Igualmente, aclaró ante los magistrados de la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia que los sindicalistas y defensores de derechos humanos asesinados presuntamente bajo su orden que "nunca solicitaron ningún tipo de protección al DAS" pese a las reiteradas amenazas que habían recibido.
Noguera acusó al exjefe de Informática del DAS Rafael García, de vender información falsa para poder culparlo de nexos con grupos paramilitares y de entregar datos privados de personas consideradas como objetivos militares para que fueran asesinados. "Todo esto es falso, no hay ninguna prueba de que yo tenga relación con paramilitares y con 'Jorge 40'".
Según Noguera durante su administración en el organismo de inteligencia entre el 2002 al 2006, se fortalecieron las medidas de protección para los sindicalistas, periodistas y miembros de ONG, pues se pasaron de 60 a 206 personas.
