La sala tercera de decisión laboral del Tribunal Superior de Bogotá ordenó al Consejo Superior Universitario de la Universidad Nacional de Colombia restituir en el cargo de rector a José Ismael Peña Reyes en un plazo máximo de 48 horas. La decisión, adoptada en segunda instancia, revoca un fallo previo que había negado la tutela presentada por el profesor y le devuelve la posibilidad de ejercer el cargo para el cual fue elegido en marzo de 2024.
En el fallo se lee que el Consejo Superior Universitario (CSU) deberá “adoptar las medidas necesarias para hacer efectivo el ejercicio del cargo de Rector por parte del señor José Ismael Peña Reyes, conforme al Acta 05 del 21 de marzo de 2024”. Con ello, el tribunal respalda la vigencia del acto administrativo mediante el cual Peña fue designado rector.
La decisión responde a una tutela interpuesta por Peña contra una sentencia del 21 de diciembre de 2025 del Juzgado Cuarenta y Seis Laboral del Circuito de Bogotá, que en su momento le había negado la protección solicitada. Ahora, en segunda instancia, el Tribunal Superior concluyó que el CSU interpretó de manera errónea los alcances de un fallo previo del Consejo de Estado.
Según la Sala, el Consejo Superior hizo una “lectura inadecuada” de la sentencia del 4 de septiembre de 2025, pues el Consejo de Estado fue claro al señalar que el medio de control de nulidad electoral se limita a definir la legalidad de una elección, sin ordenar automáticamente un restablecimiento del cargo. Negar la nulidad no implicaba, por sí mismo, prohibir la posesión de Peña.
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El tribunal enfatizó que lo solicitado por el accionante no era un restablecimiento derivado de la sentencia electoral, sino el cumplimiento de un acto de elección vigente que no fue anulado. En consecuencia, interpretar que la aclaración competencial del Consejo de Estado equivalía a una imposibilidad jurídica para posesionarlo fue, a juicio de la Sala, una conclusión que no se desprende del texto ni del alcance real de esa providencia.
La magistrada Luz Marina Ibáñez, ponente del fallo, señaló que si bien la autonomía universitaria otorga facultades de autoorganización, esta no puede utilizarse para desconocer un acto administrativo válido ni para neutralizar sus efectos mediante decisiones posteriores que no sustituyen el control judicial. En otras palabras, la autonomía no está por encima de una decisión judicial ni puede desatender un acto que sigue produciendo efectos legales.
El trasfondo de esta controversia está en dos decisiones del Consejo de Estado. En la primera, el alto tribunal concluyó que la elección de José Ismael Peña como rector, realizada el 21 de marzo de 2024, fue válida. En la segunda, anuló la posterior designación de Leopoldo Múnera, al considerar que el CSU incurrió en irregularidades al dejar sin efectos un acto administrativo que tenía plena validez legal.
Pese a esos pronunciamientos, el Consejo Superior interpretó que las decisiones no obligaban a restituir de inmediato a Peña en el cargo. En su lugar, optó por designar un rector encargado mientras solicitaba una aclaración al Consejo de Estado sobre el alcance de sus fallos. Esa aclaración fue negada, pero el encargo se mantuvo, lo que prolongó el limbo institucional.
¿Qué sigue ahora?
Con la nueva decisión del Tribunal Superior de Bogotá, el panorama cambia de manera sustancial. Al tratarse de una sentencia de segunda instancia dentro de una acción de tutela, el fallo no admite recursos adicionales. Así lo explicó el abogado Saúl Orlando León, quien precisó que se trata del cierre definitivo de esa actuación judicial.
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De acuerdo con el jurista, la orden es de obligatorio cumplimiento dentro del plazo fijado de 48 horas. Aunque el expediente deberá remitirse posteriormente a la Corte Constitucional para una eventual revisión, ese trámite no constituye un recurso ni suspende los efectos de la decisión. Por tanto, el CSU debe proceder a materializar la restitución de Peña como rector.
En contexto: la rectoría de la Universidad Nacional
La controversia por la rectoría se remonta a noviembre de 2025, cuando la Sección Quinta del Consejo de Estado anuló el nombramiento de Leopoldo Múnera tras encontrar irregularidades, principalmente relacionadas con la aplicación indebida del artículo 41 de la Ley 1437 de 2011. Esa norma permite corregir irregularidades en los trámites administrativos, pero únicamente antes de que se expida el acto definitivo.
Los magistrados concluyeron que el Consejo Superior no tenía facultades para dejar sin efectos la primera elección válida y que la designación de Múnera se produjo en contravía del marco legal. Desde entonces, la universidad entró en una etapa de incertidumbre institucional, marcada por interpretaciones divergentes sobre el alcance de las sentencias judiciales.
En lugar de restituir a Peña, el CSU designó como rector encargado a Andrés Felipe Mora, quien se desempeñaba como vicerrector general durante la administración de Múnera. La decisión fue presentada como una medida transitoria mientras se resolvían las dudas jurídicas, pero terminó extendiéndose ante la negativa del Consejo de Estado de aclarar sus fallos.
Con la orden del Tribunal Superior, el margen de maniobra del Consejo Superior se reduce a cumplir lo dispuesto. La sentencia reafirma que los actos administrativos vigentes deben acatarse y que las decisiones judiciales no pueden reinterpretarse para justificar actuaciones contrarias a su sentido.
El caso, más allá de los nombres propios, reabre el debate sobre los límites de la autonomía universitaria y el alcance del control judicial en la designación de autoridades académicas. En las próximas horas se sabrá si el Consejo Superior acata la orden dentro del plazo fijado y pone fin a una disputa que ha mantenido en vilo a la principal universidad pública del país.
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